Alaeddin Keykubat döneminde inşa edildiği düşünülen ve kitabesi olmadığı için, araştırmacıların genel kanısına göre 13.yüzyılda mescit olarak yapıldığı varsayılan yapının, 15.yüzyıl kayıtlarında isimlendirildiği bilinmektedir.

İlk yapıldığında, kuzey cephesinin önünde yer alan 3 bölmeli son cemaat yeri ve üzeri kubbe ile örtülü kare şekilli bir harimden oluşan bir plana sahip olan eser, tarihi bilinmeyen bir depremde hasar görmüştür. Bu nedenle orijinal süslemelerinden pek fazla örnek kalmamakla birlikte; ahşap kapı kanatları, ince işçiliği ile dikkat çekmektedir.

Restorasyonu 2011 yılında tamamlanan Kileci Camii, bugünkü görünümüne kavuşmuştur.